Naturalny cytryn to przezroczysta odmiana minerału kwarcowego, znanego z odcieni od żółtego do jasnobrązowego. Ten charakterystyczny kolor wynika z obecności w jego strukturze krystalicznej zanieczyszczeń żelazem (Fe³⁺). Cytryn tworzy się w układzie kryształów trójkątnych i ma twardość 7 w skali Mohsa, co czyni go stosunkowo trwałym i odpowiednim do stosowania w biżuterii.
Z geologicznego punktu widzenia cytryn często występuje w pegmatytach i kominach hydrotermalnych, gdzie kryształy tworzą się we wnękach. Występuje rzadko w przyrodzie, a wiele kamieni sprzedawanych jako cytryn to w rzeczywistości ametysty lub kwarc dymny, które zostały poddane obróbce cieplnej w celu uzyskania pożądanego koloru.
Właściwości fizyczne cytrynu obejmują szklisty połysk, pękanie muszli i brak łupania. Jego gęstość wynosi około 2,65 g/cm3, a współczynnik załamania światła waha się od 1,544 do 1,553. Ze względu na swoją przezroczystość i blask cytryn jest wysoko ceniony w gemologii i biżuterii.
Cytryn często kojarzony jest z właściwościami metafizycznymi, uważany jest za kamień dobrobytu i obfitości. W praktykach alternatywnych mówi się, że cytryn stymuluje kreatywność i jasność umysłu, choć aspekty te nie są poparte dowodami naukowymi.